明代，因运河河道普遍较浅，原有吃水深的海船不适合运河航运，尤其是淮安以北的山东段运河，因水源不足，河道非常浅，因此需建造平底浅船，以保证载重400石的漕船吃水深度不超过三尺。明洪武七年（1375），利用宋代遗留位于淮安境内的沙河沿线造船厂遗址，扩建了河下、盛祥、清口、福兴四个造船厂。
明永乐年间(1403—1424），陈瑄担任漕运总兵官后，在沙河的基础上开挖清江浦河，将原来的四个造船厂合并为清江督造船厂，成为当时全国最大的内河造船厂，并建造适合运河航运的浅船2000艘。船厂附近有很多经营钉、铁、油、麻等造船物资的商店，以淮安河下为最多。河下的粉章巷、竹巷、绳巷、打铜巷、钉铁巷等地也因此而得名。
明嘉靖初年，撤销卫河船厂并入清江督造船厂，其位于清江浦南岸山阳、清河二县之间，是重要的内河造船厂，后来发展到拥有京卫、中都、直素、卫河四个大厂，82个分厂，雇佣工匠8000多人，厂房工棚达到了绵延10余里，每年制造平底浅船500多艘。
《漕运统志》载：“至（明）正统间，江南江北始限造船一万一千七百有奇，清江十九、卫河十一。后清江该造之数复析浙江、南直隶等卫，俾归自造，隶清江者，惟南京、镇江、江北直隶诸卫所而已”。可见，当时淮安清江督造船厂的地位和作用。
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